但苜蓿芽含天然有毒成分,稱為刀豆氨基酸(L-Canavanine sulfate),屬有毒鹼性氨基酸,可能引起哺乳動物的自體免疫疾病,使具免疫系統喪失調節機能,誤將自己體內的細胞當成抗原,而產生抗體來對抗,籍自己免疫系統,毀壞自己身體產生疾病。根據1982年4月23日出版的科學(Science)雜誌發表,長期餵食猴子苜蓿芽或苜蓿芽種子後,猴子會發生類似全身性紅斑性狼瘡(SLE)的血液學及血清學變化。接著在1985年1月的風溼免疫學世界排名第一的醫學雜誌(Arthritis and Rheumatism)發表學者研究發現,這些自體免疫疾病,可能與苜蓿芽所含刀豆氨基酸有關。刀豆氨基酸可能引起身體內免疫T細胞的異常作用,導致一連串的免疫異常反應,而發生全身性紅斑性狼瘡的病變。因此,正常人長期大量生食苜蓿芽或苜蓿芽種子,則要留心是否紅斑性狼瘡病變的症狀出現。紅斑性狼瘡的病患,則要避免食用苜蓿芽。證據顯示,苜蓿可使猴子發病,也可能使SLE病人的病情惡化。苜蓿芽大量攝食後,可能會破壞人類各種血球細胞,減少各種血球數,如貧血或自血球稀少、血小板稀少。病患因此容易感染,且易出血等症狀。有些可能有關節痛、光敏感的反應。幸好停止食用後,即可復原。事實上,臨床上有些藥物如抗高血壓hydralazine等,也會有類似毒性症作用出現。但停用藥物後,即可完全恢復。